Tra gli ambienti più peculiari del Parco, dove la biodiversità è più alta, sono le valli più strette e profonde (forre) come l’alta valle del Cremera.
Le acque ospitano un vario popolamento ittico rappresentato sia da specie legate ai tratti superiori dei corsi d’acqua a carattere torrentizio come il Barbo tiberino Barbus tyberinus, Vairone Leuciscus souffia o il decisamente più raro Ghiozzo di ruscello Gobius nigricans, specie endemica italiana, sia da specie a più ampio spettro ecologico diffuse nel tratto medio-inferiori come il comune Cavedano Leuciscus cephalus, il più raro Cavedano etrusco Leuciscus lucumonis endemico dell’Italia centrale e l’Anguilla Anguilla anguilla le cui forme giovanili trascorrono la vita nelle acque dolci per poi migrare nell’oceano atlantico (Mar dei Sargassi) nella fase della riproduzione.
Sicuramente uno degli elementi caratteristici e più rappresentativi di tali forre boscose è la Salamandrina dagli occhiali Salamandrina perspicillata un piccolo (6-13 cm) anfibio urodelo con colorazione dorsale scura e tipica colorazione ventrale. Un’altra specie di Anfibio caratteristico di questo ambiente è la Rana appenninica Rana italica. Oltre che lungo le forre, questa specie di rana rossa è diffusa anche in torrenti e piccoli corsi d’acqua. Un ricco popolamento legato a questi ambienti è rappresentato anche da altre specie di Anfibi a maggiore diffusione come il Rospo comune Bufo bufo dalle caratteristiche ovature disposte in cordoni lungo pozze e piccoli corsi d’acqua, la Raganella italiana Hyla intermedia che si ritrova anche in prossimità di fontanili ricchi di vegetazione e la Rana verde nome che accomuna un gruppo di specie molto simili Rana bergeri e Rana kl hispanica ad ampia diffusione.
Il popolamento a Rettili legato a questi ambienti è rappresentato dalla Biscia dal collare Natrix natrix diffuso e vorace predatore di anfibi e pesci e dal decisamente più raro Cervone Elaphe quatuorlineata un grosso serpente (lungo fino a più di 2 m) abile predatore di uccelli e piccoli mammiferi.
Tra gli uccelli che frequentano i corsi d’acqua si annoverano diverse specie appartenenti a svariate famiglie: il Germano reale Anas plathyrinchos e la gallinella d’acqua Gallinula chloropus sono legate alla vegetazione ripariale dove nidificano; la Garzetta Egretta garzetta è un elegante airone frequente lungo le sponde soprattutto nel periodo invernale, mentre l’Airone cenerino Ardea cinerea è di aspetto più massiccio e spesso si rinviene immobile sulle sponde a caccia di piccole prede; tra i Passeriformi si possono citare l’Usignolo di fiume Cettia cetti legato alle sponde ed ai canneti presenti nel settore meridionale del Parco e la Ballerina gialla Motacilla cinerea, più rara, rinvenibile per lo più nei tratti di corsi d’acqua a corrente più veloce.
Un relativamente recente abitatore dei corsi d’acqua, soprattutto nei tratti medi e bassi, è la Nutria Myocastor coypus, roditore di origine sud-americane che si è diffuso nel Parco; la specie di abitudini onnivore può rappresentare un fattore di impatto negativo sulle biocenosi autoctone nonché sulla stabilità degli argini fluviali.
Gli ambienti acquatici sono inoltre frequentati da innumerevoli specie di Invertebrati tra cui i più rappresentative sono il Decapode Granchio di fiume Potamon fluviatile e svariate specie di libellule tra cui la Splendente culviola Calopteryx haemorrhoidalis, la Libellula panciapiatta Libellula depressa e Frecciazzurra minore Orthetrum coerulescens.
